1부
 김대건의 어린시절은 같은 시대 다른 아이들과 다를 바 없었다. 하지만 천주를 믿는다는 이유로 인적이 드문 산골 신앙촌으로 피신해 살아야 했으며, 그의 친구 효중은 부모가 순교하는 장면에 천주를 믿지 않겠다며 배교하기에 이른다. 어느날 불란서의 모방 신부로부터 신학생 유학제의를 받은 대건, 나라에서 금하는 천주교의 사제가 된다는 것은 죽음을 자초하는 일이지만 그는 기도를 통해 두려움을 떨친다.

2부
 천신만고 끝에 마카오에 도착한 김대건, 최양업, 최방제.
낯선 이국의 풍물에 어리둥절한 세 소년은 본격적인 신학공부를 시작하고 효중은 천주교인들을 밀고하고 포도청의 포교부장이 된다. 그러던 중 김 프란치스코로부터 기해박해 소식을 전해들은 대건은 깊은 슬픔에 잠긴다. 대건은 조선교회의 밀사인 달봉과 조선으로의 입국을 시도하지만 계속되는 조정의 감시와 탄압으로 갖은 난관에 부딪힌다.

3부
 대건은 페레올 주교로부터 사제서품을 받는다. 조선인 최초의 사제인 대건은 오랜 타국생활을 마치고 페레올 주교와 함께 귀국길에 올랐으나 항해 도중 심한 폭풍을 만나 좌초위기를 맞는다. 구사일생으로 귀국에 성공한 대건은 전교활동을 시작하고 부지런히 교리를 가르친다. 어느날 대건은 서해해로에서 중국인 신자들에게 조선 입국로에 관한 지도 등을 건네주다가 그의 어린시절 친구인 효중에게 체포당하게 되고, 조정의 대신들에게 배교를 권유받지만 끝내 순교의 길을 선택한다. 그의 순교를 지켜보는 효중은 자신의 잘못을 뒤늦게 뉘우치고 김대건 신부는 모든 사람들을 용서하고 하느님의 나라에 들게 된다.